שמואל קליצנר זכה להיות תלמיד של הפרופסורים נחמה ליבוביץ ומשה גרינברג, זכרם לברכה. במשך 38 שנים שימש שמואל כמרצה בכיר למקרא במדרשת לינדנבאום, מבית מוסדות אור תורה סטון. נוסף לכך כיהן כרב האולפנא לאומנויות בירושלים, כראש צוות החינוכי של הפקות ירושלים מבית גשר, וכמנהל ויו"ר המכון למנהיגות הלכתית של אור תורה סטון.